ฤดูใบไม้ผลิ ปี ค.ศ. 1925 มิโนรุสำเร็จการศึกษาจากมหาวิทยาลัย แต่เขาก็ยังคงทำการค้นคว้าต่อในห้องทดลองจุลชีววิทยา ตามคำแนะนำของศาสตราจารย์คิโยโนะ

และจากอิทธิพลของการวิจัยเกี่ยวกับ probiotic ของนักวิทยาศาสตร์รัสเซียชั้นนำระดับรางวัลโนเบลอย่าง Ilya Ilyich Mechnikov เป็นแรงบันดาลใจให้มิโนรุตั้งใจที่จะค้นคว้าเกี่ยวกับจุลินทรีย์กรดนม ซึ่ง Mechnikov ได้ค้นพบว่าเป็นจุลินทรีย์ที่ช่วยต่อสู้และทำลายจุลินทรีย์ที่ไม่ดีในลำไส้ของมนุษย์ โดยมิโนรุได้ทำการการคัดเลือกสายพันธุ์ที่เชื่อว่าดีเลิศ และนำเอาจุลินทรีย์ที่ว่านั้นออกมาเพาะเลี้ยงให้แข็งแรง และผลิตเป็นเครื่องดื่มให้ผู้คนดื่มมันกลับไปสู่ลำไส้ เพื่อเป็นการรักษาสุขภาพให้สมบูรณ์แข็งแรง

ปี ค.ศ. 1929 มิโนรุได้แต่งงานกับหญิงสาวชื่อ โยชิเอะ ทั้งคู่ใช้ชีวิตอยู่ร่วมกันที่ตำบลคามิเกียว จังหวัดเกียวโต ถึงแม้จะแต่งงานแล้ว มิโนรุก็ยังคงทำการทดลองอย่างขะมักเขม้นตลอดเวลา หลังจากนั้นไม่นาน ความพยายามของเขาก็ได้รับผลตอบแทน เมื่อเขาได้รับปริญญาเอกสาขาแพทยศาสตร์ และสามารถเพาะเลี้ยงจุลินทรีย์กรดนมสายพันธุ์พิเศษให้แข็งแรงได้สำเร็จในปี ค.ศ. 1930 ศาสตราจารย์คิโยโนะรู้สึกปลาบปลื้มใจกับความสำเร็จลูกศิษย์เป็นอย่างมาก เขาได้ตั้งชื่อให้กับจุลินทรีย์นี้ว่า แลกโตบาซิลลัส คาเซ สายพันธุ์ชิโรตะ (Lactobacillus casei strain shirota) ตามชื่อสกุลของมิโนรุ

ปี ค.ศ. 1933 มิโนรุดำรงตำแหน่งเป็นผู้ช่วยศาสตราจารย์แห่งมหาวิทยาลัยเกียวโต แต่เขาก็ยังไม่หยุดการค้นคว้าเกี่ยวกับแลกโตบาซิลลัสตัวนี้ จนกระทั่งในที่สุด เขาก็สามารถผลิตเครื่องดื่มที่ทำให้สุขภาพแข็งแรงและมีรสชาติอร่อยได้สำเร็จ มิโนรุตั้งชื่อให้กับเครื่องดื่มชนิดนี้ว่า ยาคูลท์ ซึ่งเป็นชื่อที่มาจากภาษาเอสเปรันโต ที่มีความหมายเหมือนกับคำว่า โยเกิร์ต จากนั้นในปี ค.ศ. 1935 มิโนรุก็ได้ก่อตั้ง "สถาบันชิโรตะ" ขึ้นที่ตำบลโรนิน จังหวัดฟูกูโอกะ เพื่อเริ่มต้นผลิตและจำหน่ายยาคูลท์ ยามนั้นเป็นช่วงเวลาที่มิโนรุกับครอบครัวได้ใช้ชีวิตกันอย่างสุขสงบและมีความสุขที่สุด แต่ทว่าไม่นานนัก มิโนรุก็ได้รับหมายเกณฑ์จากทางราชการให้ไปเป็นแพทย์ประจำกองทัพ

ปี ค.ศ. 1938 หลังออกรบได้ไม่นาน มิโนรุก็ได้กลับมาบ้าน แต่เขาก็ต้องถูกส่งตัวไปประเทศจีนแทน เพื่อไปเป็นศาสตราจารย์ในมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์หานปิง ทว่าในช่วงนั้น ทหารญี่ปุ่นได้เข้ารุกรานประเทศจีน ส่งผลให้สงครามทวีความรุนแรงมากขึ้นเรื่อย ๆ มิโนรุจึงไม่อาจทนอยู่ที่หานปิงต่อไปได้ เขาลาออกจากมหาวิทยาลัย และกลับญี่ปุ่นอย่างเงียบ ๆ

ปี ค.ศ. 1939 มิโนรุได้ก่อตั้ง "สถาบันชิโรตะ" ขึ้นอีกครั้ง เพื่อสร้างศูนย์การขายและแพร่ขยายยาคูลท์ไปตามเมืองต่างๆ ในภาคตะวันตกของญี่ปุ่น แต่ในขณะนั้นญี่ปุ่นกำลังอยู่ระหว่างการพร้อมรบ งบประมาณของประเทศถูกนำไปใช้จ่ายในการสร้างอาวุธยุทโธปกรณ์ต่างๆ มากกว่าอาหาร ทำให้ประชาชนขาดแคลนอาหารอย่างหนัก มิโนรุจึงได้ผลิตยาคูลท์ออกจำหน่ายในราคาถูกโดยไม่เกรงกลัวต่อภาวะขาดทุน เพื่อที่ประชาชนจะได้มีสุขภาพที่แข็งแรง

ปี ค.ศ. 1945 เมื่อสงครามสงบลง มิโนรุและเหล่าเพื่อน ๆ จึงต้องพยายามอย่างหนักในการเพาะเลี้ยงเชื้อจุลินทรีย์กรดนม เพื่อเริ่มต้นทำยาคูลท์ใหม่อีกครั้งหนึ่ง และแล้วยาคูลท์ก็ได้เริ่มออกจำหน่ายอีกครั้งในปี ค.ศ. 1950

ปี ค.ศ. 1955 มิโนรุได้ย้ายสำนักงานใหญ่ไปอยู่ที่โตเกียว และตั้งชื่อบริษัทว่า "ยาคูลท์" ซึ่งเป็นการยกระดับสินค้าให้แพร่หลายไปทั่วประเทศ หลังจากนั้นมิโนรุก็ยังทำการค้นคว้าต่อไป ทั้งจุลินทรีย์กรดนมและคลอเรลล่า เขามีโอกาสได้เข้าร่วมประชุมเกี่ยวกับจุลินทรีย์วิทยาระหว่างประเทศที่ประเทศรัสเซีย และได้ไปเยี่ยมเยียนสถาบันวิจัยทางการแพทย์ร็อคกี้เฟลเลอร์ที่ประเทศสหรัฐอเมริกา นอกจากนี้ยังได้แลกเปลี่ยนผลงานการค้นคว้ากับประเทศต่างๆ อีกด้วย

ด้วยความมานะอุตสาหะของมิโนรุ ทำให้เขาได้รับพระราชทานเครื่องราชอิสริยาภรณ์ ชั้นที่ 4 ในปี ค.ศ. 1969 จากนั้นมิโนรุก็ยังคงดูแลและติดตามการเจริญเติบโตของบริษัทมาตลอดจวบจนกระทั่งวันสิ้นลม ในปี ค.ศ. 1982